吴孳昌出身于河南光州固始县吴氏望族，这一家族自明末至清末人才辈出，共涌现出二十余位进士，堪称甲科世家，为吴孳昌的成长奠定了深厚的文化底蕴。

       其家族中，父辈与伯父辈皆有出众之人。父亲吴大白虽未在仕途上留下过多显赫事迹，但秉持家族学风，注重子女教育。伯父吴大朴（1594—1641）更是家族的杰出代表，于天启二年（1622）考取进士，此后历任无锡知县、刑部主事、庐州知府等职。吴大朴为官期间，以断案宽仁、治政惠民而闻名，在抵御流寇的战斗中，因过度劳累殉职，后被追赠太僕寺卿。伯父的品行与事迹，对年少的吴孳昌产生了深远影响，成为他日后求学与为官的榜样。

       受家族浓厚学风的熏陶，吴孳昌自幼便展现出过人的天赋与才华，七岁时便能提笔作文，文学功底远超同龄人。弱冠之年，他便顺利登科第，开启了自己的科举征程。

       崇祯九年（1636），吴孳昌凭借扎实的学识考取举人，初步在科举场上崭露头角。崇祯十三年（1640），他更进一步，成功登科庚辰科魏藻德榜三甲第十六名进士，正式踏入仕途。朝廷授予他河间府推官一职，并下旨令其由原名 “吴伐” 改名为 “吴孳昌”，这一改名也象征着他开启了全新的人生篇章。

       崇祯十五年（1642），吴孳昌以河间府推官的身份主持山西乡试。在此次乡试中，他秉持公正、严谨的原则，慧眼识珠，选拔出了诸多有识之士，其中便包括后来成为名臣的魏象枢（敏果公），吴孳昌也因此成为魏象枢的座师。他在选拔人才方面的出色表现，广受赞誉，进一步彰显了其卓越的识人之能与公正的处事态度。

       清入关后,先设置了顺天、天津、保安、宣府、登莱等处巡抚和天津、宣大山西总督。顺治元年任命吴孳昌首任山西总督，吴孳昌对地方性事务较为熟悉，故而被清朝加以重用。1644年，大顺军余部对山西虎视眈眈，时刻窥伺着这片土地，吴孳昌多次紧急上奏朝廷，飞章告急称 “闯贼欲渡河复攻山西”，请求清廷迅速派驻八旗兵增援，以抵御大顺军的进攻，保卫山西的安全。宣、云两镇的士兵已长达半年没有发放军饷，导致军队战斗力急剧下降，严重影响了边防的稳固。

       面对这些困境，吴孳昌并未退缩。他上疏清廷，详细陈述军队军饷匮乏的实际情况，并提出 “按月发饷固军心” 的解决方案，提升军队的战斗力，进而更好地应对各种危机。然而，当时清初财政状况窘迫，这一合理方案未能得到朝廷解决。

       七个月后吴孳昌被革职。革职之后，吴孳昌心灰意冷，选择弃官隐居于蔚州（今河北蔚县）。幸运的是，他当年主持山西乡试时选拔的学生魏象枢，始终铭记师恩，为他购置了居所，并承担起赡养他的责任，让他得以在蔚州安稳度日。

       在隐居期间，吴孳昌并未完全沉浸于失意之中，而是与同乡江桂、许汝都等人结为诗社。他们常常一同游览当地的名胜古迹，在山水之间吟诗作赋，以诗歌抒发内心的情感与对生活的感悟。遗憾的是，吴孳昌在这一时期创作的诗歌作品大多散佚。